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Nature子刊首次展示掌上测序仪的巨大

发布时间:2019-08-15 19:12:01

  纳米孔测序也被称为第三代测序,而OxfordNanopore公司则是这一领域的先行者。去年11月,该公司启动了掌上测序仪MinION的早期试用计划。这个备受关注的测序仪只有USB大小,可以实现即插即用。

  EastAnglia大学和PublicHealthEngland的研究团队十二月九日在NatureBiotechnology杂志上发表了使用MinION获得的研究成果,他们用MinION鉴定了一种多重耐药菌的抗性基因。这项研究表明,这一技术能够很好的用于传染病诊断。

  长读取 测序对于确定抗性基因的位置是非常重要的,纳米孔测序就是一种长读取的基因组测序技术。此前的长读取测序需要在昂贵的上进行,而且操作起来比较复杂,往往只能在专业性的实验室里使用。而MinION非常小巧轻便,售价更低至650英镑左右。

  最近在全球范围扩散的伤寒沙门氏菌(SalmonellaTyphi)单体型H58是一种具有多重耐药性的突变株。研究人员通过鉴定其耐药基因,证明了MinION在临床上的实用性。

  耐药性基因在染色体上的确切位点被称为抗生素抗性岛。研究显示,MinION只用18小时就能得出鉴定结果,而且精确性与现有技术差不多。

  领导这项研究的DrJustinO Grady说: 新兴的抗生素抗性正在快速扩散,而这类技术将为耐药性检测带来一场革新。

  在此之前,用传统方法做这种分析要花几个月的时间,因为测序后要进行大量的分析工作。人们最终拿到结果的时候,很可能已经无法为临床诊疗提供指引了。

  研究人员指出,低成本速度快的纳米孔测序与短读取测序结合,能够为人们提供组装完全的细菌基因组,相信公共卫生机构和临床实验室很快就能从中获益。此外,纳米孔测序系统经过进一步改良之后,将不再需要短读取数据。

  这项研究首次为人们展示了,MinION解决重要生物学问题的巨大潜力,这一技术可以广泛用于临床上的细菌鉴定、传染病诊断和耐药性检测。

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